이사회

1. 감사
   1. 감사실
   2. 감사팀
2. 미래성장팀
3. 홍보팀
4. 기획조정실
   • 기획예산팀
   • 사회가치·혁신팀
   • 경영성과팀

• 경영관리본부

  • 운영지원팀

    기록물 관리파트

  • 안전관리팀
  • 인적자원팀
  • 노무복지팀
  • 재무회계팀

  • 정보보안팀

    정보보안파트

• 해양보전본부
  • 해양정화팀

  • 해양쓰레기 대응센터

    해양쓰레기 대응파트

    청항·오염물질 관리파트

  • 골재단지관리팀
  • 해양보호구역팀
  • 국제협력팀
• 해양방제본부

  • 방제기획팀

    분담금관리파트

  • 해양오염예방팀

    침몰선관리파트

  • 방제대응팀
  • 방제선건조팀
  • 방제자원팀
• 해양사업본부
  • 사업기획팀
  • 예선운영팀
  • 특수선운영팀
• 해양환경조사연구원

  • 해양수질팀

    해양 감시파트

    화학물질 감시파트

  • 해양생태팀
• 해양환경교육원
  • 교육운영팀
  • 교육개발팀
  • 국가해양환경교육센터

지사(12개), 사업소(13개)

• 부산
• 인천
• 여수(광양사업소)
• 울산
• 대산
• 마산(마산사업소,통영사업소,진해사업소,사천사업소)
• 동해(옥계사업소,속초사업소)
• 군산(군산사업소)
• 포항
• 평택(평택사업소)
• 목포(목포사업소,완도사업소)
• 제주(제주사업소,서귀포사업소)